O acervo do museu começa a ser construído com a implantação do curso de Licenciatura em Ciências na década de 1990. Ao longo do tempo um bom conjunto de espécimes e materiais foi colecionado, principalmente pelos esforços da Profa. Dra. Marcia Oliveira de Paula que coordenou o Curso de Biologia entre 1996 e 2009.

O museu foi inaugurado a 16 de maio de 2009 após a designação pelo UNASP de um espaço de cerca de 200m² e um esforço conjunto de várias instituições da Igreja Adventista do Sétimo Dia para a organização desse espaço.

Professor Orlando Rubem Ritter falando na inauguração do Museu ao lado de Marcia Oliveira de Paula e o Diretor Geral, Pr. Hélio Carnassale 

O nome do museu homenageia o Professor Orlando Rubem Ritter que trabalhou na instituição durante toda segunda metade do século XX até o ano de 2004 sendo um grande divulgador da ciência desde uma perspectiva que salienta Deus como o criador de todas as coisas.